Also im Sommerfahrplan fährt der BEX als eigener Zug Chur-Samedan-Pontresina-Tirano. Im Winterfahrplan wird er in Chur an den Albulaschnellzug angehängt und geht dann ab Samedan aber auch direkt nach Pontresina. Der Albulaschnellzug geht also weiter nach St. Moritz, aber der Bernina Express nicht, denn das sind ja eigentlich zwei unterschiedliche Züge, auch wenn sie aneinandergekuppelt sind. Mit dem GEX läuft das ja genau so, dort aber auch im Sommer.
Es gibt natürlich noch den anderen BEX, der in St. Moritz beginnt, der kommt dann aber nicht aus Chur, sondern beginnt eben wie gesagt in St. Moritz.
Zur Gem: Universell einsetzbar sind die Loks ja durchaus, aber planmäßig fahren sie eben immer nur mit Strom. Warum sollte man auch mit diesel unter Fahrdraht fahren, wenn man einfach nur eine passende Lok davor hängen müsste? Und auf den steigungsreichen Strecken wird der Dieselverbrauch sicher nicht unerheblich sein. Und gerade bei den Erlebniszügen der RhB kommts nun wirklich nicht auf ein paar Minuten Fahrzeit mehr oder weniger an, denn die Leute wollen ja nicht schnell von A nach B kommen, sondern die Reise genießen

Dazu kommt natürlich, dass bei den Schweizern sowieso so gut wie alles nur elektrisch gefahren wird.
Was war denn für ein Zug an der Gem dran wie du sie in Filisur gesehen hast? Ich kann dir aber wirklich versichern, dass sich die Gem im normalen Planeinsatz niemals außerhalb der Berninabahn aufhalten.

Die fahren normal immer mit einem normalen ABe gekuppelt die ganz normalen Berninazüge.