Wie wäre es mit diese Lösung:

Damit hätte die S-Bahn glech ne 2. Stammstrecke, am anderen Ende der ehemaligen U5 wird endlich nach Pasing verlängert um ne komplette Durchbindung zu machen. Am Ostbahnhof wird noch eine Ausfädelung nach oben gemacht, ggf. auch am Heimeranplatz um die Linien S1 und S2 einzubinden. Kleinere Anpassungsarbeiten müssten zwar noch unternommen werden, wie Oberleitung einbauen, Bahnsteige etwas verlängern, aber das kriegen wir schon hin...

Die U4 ersetzen wir auch gleich durch die eh schon geplante Anbindung an den Nordring mit Weiterführung Richtung Flughafen.
P.S.: Vorschlag nicht so ernst nehmen, wobei das gar nicht so übel wäre...