Die U-Bahn-Linien werden im Zuge eines Linientausches ab Dezember tlw. neue Linienführungen bekommen. Ab August wird der Bhf. Berliner Tor umgebaut, damit die U2 künftig nach Billstedt - Mümmelmannsberg fahren kann und somit dort eine Kapazitätsteigerung von 33% erfolgt. Bisher können technisch bedingt nur 6-Wagen-Züge fahren, ab 2009 werden es 8-Wagen-Züge sein. Das Netz sieht von 2006-2009 wie folgt aus:
- U1: Norderstedt-Mitte - Ohlsdorf - Hbf Süd - Farmsen - Ohlstedt/Großhansdorf
- U2-West: Niendorf-Nord - Berliner Tor - Billstedt - Mümmelmannsberg
- U2-Ost: Wandsbek-Gartenstadt - Barmbek - Berliner Tor - Niendorf-Nord
- U3-West: Barmbek - Schlump - Landungsbrücken - Berliner Tor - Barmbek - Wandsbek-Gartenstadt
- U3-Ost: Mümmelmannsberg - Berliner Tor - Landungsbrücken - Schlump - Barmbek
- U1: Norderstedt-Mitte - Ohlsdorf - Hbf Süd - Farmsen - Ohlstedt/Großhansdorf
- U2: Niendorf-Nord - Berliner Tor -Billstedt - Mümmelmannsberg
- U3: Barmbek - Schlump - Landungsbrücken - Hbf Süd - Berliner Tor - Barmbek - Wandsbek-Gartenstadt
- U4: Überseequartier - Hbf Nord - Berliner Tor - Billstedt (ab 2010)